খোন্দকার মিসবাহ উল আজীম ১৯৮৭ সালের ১ জানুয়ারি বাংলাদেশ নৌবাহিনীতে যোগ দেন। রয়্যাল মালয়েশিয়ান নৌবাহিনীতে বিশেষ কৃতিত্বের সঙ্গে প্রশিক্ষণ শেষে ১৯৮৯ সালের ১ জুলাই এক্সিকিউটিভ শাখায় কমিশন লাভ করেন। তিনি ৮৭-এ ব্যাচে জ্যেষ্ঠতা ও মেধা তালিকায় প্রথম স্থান অর্জন করেন।
শিক্ষাজীবনে তিনি বাংলাদেশ ইউনিভার্সিটি অব প্রফেশনালস (বিইউপি) থেকে মেরিটাইম গভর্ন্যান্স বিষয়ে পিএইচডি অর্জন করেন। এছাড়া এমফিলসহ স্ট্র্যাটেজিক, ডিফেন্স ও অপারেশনাল স্টাডিজ বিষয়ে দেশ-বিদেশ থেকে তিনটি মাস্টার্স ডিগ্রি লাভ করেন। ডিফেন্স সার্ভিসেস কমান্ড অ্যান্ড স্টাফ কলেজ (ডিএসসিএসসি) এবং ন্যাশনাল ডিফেন্স কলেজের (এনডিসি) আর্মড ফোর্সেস ওয়ার কোর্সেরও তিনি একজন কৃতী গ্র্যাজুয়েট। ছাত্রজীবনে এসএসসি ও এইচএসসি পরীক্ষায় সম্মিলিত মেধাতালিকায় স্থান অর্জনের জন্য রাষ্ট্রপতির চ্যান্সেলর অ্যাওয়ার্ড লাভ করেন।
প্রায় চার দশকের কর্মজীবনে তিনি বাংলাদেশ নৌবাহিনীর বিভিন্ন গুরুত্বপূর্ণ কমান্ড, স্টাফ ও নেতৃত্বমূলক দায়িত্ব পালন করেছেন। কমান্ডার চট্টগ্রাম নৌ অঞ্চল, কমান্ডার ঢাকা নৌ অঞ্চল, কমান্ডার সাবমেরিন এবং বাংলাদেশ নেভাল একাডেমির কমান্ড্যান্ট হিসেবে দায়িত্ব পালন ছাড়াও নৌবাহিনী সদর দপ্তরে পরিচালক (নৌ অপারেশন্স) ও পরিচালক (নৌ পরিকল্পনা) হিসেবেও দায়িত্ব পালন করেন।
এছাড়া তিনি বানৌজা ওমর ফারুক, বানৌজা এস আর আমিন, বানৌজা নির্ভয়, বানৌজা সৈকত এবং নৌঘাঁটি বানৌজা তিতুমীরের অধিনায়ক ছিলেন। বাংলাদেশ নেভাল একাডেমি, ডিএসসিএসসি এবং এনডিসিতে প্রশিক্ষক হিসেবেও দায়িত্ব পালন করেছেন।
আন্তর্জাতিক অঙ্গনে তিনি লেবানন ও গণতান্ত্রিক কঙ্গো প্রজাতন্ত্রে জাতিসংঘের শান্তিরক্ষা মিশনে দায়িত্ব পালন করেন। সর্বশেষ ওমানে বাংলাদেশের রাষ্ট্রদূত হিসেবে দায়িত্ব পালনকালে দুই দেশের দ্বিপাক্ষিক সম্পর্ক উন্নয়ন এবং প্রবাসী বাংলাদেশিদের কল্যাণে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা রাখেন।
কর্মজীবনে অবদানের স্বীকৃতিস্বরূপ তিনি নৌবাহিনীর সর্বোচ্চ শান্তিকালীন সম্মাননা ‘নৌবাহিনী পদক (এনবিপি)’, ‘নৌ-পারদর্শিতা পদক (এনপিপি)’, জাতীয় শুদ্ধাচার পুরস্কার এবং জাতীয় স্কাউট পুরস্কার (রৌপ্য ইলিশ পদক) অর্জন করেছেন। এছাড়া তিনবার নৌবাহিনী প্রধানের প্রশংসাসূচক ইনসিগনিয়া লাভ করেন। তিনি ‘বীরশ্রেষ্ঠ রুহুল আমিন’ পুরস্কার, সেরা ব্যক্তিগত গবেষণাপত্র পুরস্কার এবং অ্যান্টি-সাবমেরিন ওয়ারফেয়ার প্রশিক্ষণে সেরা শিক্ষার্থীর স্বীকৃতিও পেয়েছেন।
পেশাগত দায়িত্বের পাশাপাশি তিনি একজন লেখক ও গবেষক। সামুদ্রিক নিরাপত্তা, প্রতিরক্ষা এবং নৌ-কৌশল বিষয়ে তার একাধিক গবেষণা প্রবন্ধ বিভিন্ন স্বনামধন্য জার্নালে প্রকাশিত হয়েছে। খেলাধুলার মধ্যে গলফ, বাস্কেটবল, দাবা ও টেবিল টেনিসে তার বিশেষ আগ্রহ রয়েছে। তিনি বাংলা ও ইংরেজিতে সাবলীল এবং মালে ও ফরাসি ভাষায়ও ব্যবহারিক দক্ষতা রাখেন।
ব্যক্তিগত জীবনে খোন্দকার মিসবাহ উল আজীম বেগম নুরতাজ আজীমের সঙ্গে বিবাহবন্ধনে আবদ্ধ। তারা দুই কন্যা সন্তানের জনক-জননী।